İğneada'nın lagün, göl ve dere gibi farklı sulak alanlarında bilinen 30 balık türü yaşamaktadır. Bu balık türlerinden 8'i Bern Sözleşmesi'nde "korunması gereken tür" ilan edilmiştir. Bunlar; dere hamsisi (Chalcalburnus chalcoides), deniz iğnesi (Syngnathus abaster), tatlısu kaya balığı (Neogobius fluviatilis), kurt balığı (Aspius aspius), noktalı inci balığı (Alburnoides bipunctatus), acı balık (Rhodeus amarus), taş yiyen balık (Cobitis taenia) ve kababurun balığıdır (Chondrostoma nasus). Balık çeşitliliğinin en fazla olduğu Mert, Erikli ve Saka lagün gölleri, üreme, beslenme ve korunma amacıyla denizden tatlı suya veya tatlı sudan denize göç eden kefal (Mugil cephalus) ve gümüş balığı (Atherina boyeri) gibi balık türlerine de ev sahipliği yapmaktadır. Bir tatlısu gölü olan Hamam Gölü'nde kerevit, alanı besleyen derelerin Istranca Dağları'ndan çıkan kaynaklarında ise kahverengi alabalık (Salmo trutta) yaşamaktadır.