İğneada'da yer alan göller ve çevresindeki bataklıklar birçok su bitkisi türünün yaşam alanıdır. Göl içlerinde su derinliğinin 50 cm olduğu alanlarda yayılış gösteren ve kapalılığı yer yer %100'ü bulan bitki topluluğunun baskın türleri Schoenoplectus lacustris, Phragmites australis, Thypha domingensis ve Tangustifolia'dır. Bitki çeşitliliği daha zengin olan taban suyu yüksek yarı tuzlu bataklık alanlarda Bolboschoenus maritimus, Cladium mariscus, Juncus heldreichanus, Sparganium erectum, Atriplex patula, Chenopodium chenopodioides, Spergularia bocconii, Leucojum aestivum, Limonium gmelinii, Cirsium creticum, Polygon viridis gibi bitkiler yayılış gösterir. Hamam ve Pedina gölleri etrafındaki tatlısu bataklıkları ise Türkiye'de örneğine çok az rastlanan ve Avrupa-Sibirya tatlısu florasını içermesi açısından oldukça önemlidir. Bu bataklıklarda görünen tehdit altındaki göl kestanesi (Trapa natans) ile nilüfer (Nymphaea alba) toplulukları yüksek su kalitesinin göstergesi olarak kabul edilir. Dere kenarlarındaki doğal setler boyunca yayılış gösteren kumlu mera toplulukları arasında, Türkiye için yeni bir tür olan Logfia minima ve nadir görülen bazı Trifolium türlerine de rastlanmaktadır.